Você pode alterar chaves de produto para SKUs semelhantes. Se você estiver baixando a versão RETAIL (em vez de Licença por Volume) do Windows 7 Home Premium do MSDN e tiver adquirido a versão RETAIL do Windows 7 Home Premium, então (geralmente) sim, você poderá alterar a chave do produto. Eu digo normalmente, porque tem havido alguns produtos que sabem que são a versão MSDN e não usam uma chave de varejo "regular". Eu duvido que o Windows 7 é um desses (estou baixando agora também, então eu ainda não sei).
Não tenho certeza de como a versão E terá um papel, mas suspeito que não funcionará, pois não é um produto para o qual você pode fazer upgrade. Atualizar : a versão E foi cancelada, portanto, esse cenário não é mais um problema.
Em qualquer caso, faça backups. Se não funcionar, instale a nova cópia que você comprou e restaure seus backups.