Estou usando o backup2l para fazer backup do meu servidor Debian (o AFAIK Ubuntu é um derivado do Debian). Se configurado corretamente, ele automatiza seu backup, por exemplo obtendo as seleções do dpkg, criando backups diferenciais e incrementais (dependendo das suas configurações) e armazenando um arquivo. Um post backup hook ativa o rsync que sincroniza meu arquivo com uma cópia remota.
Estou fazendo o backup de /etc
/var
(com algumas exclusões, como caches), /root
, /home
.
Basta pensar sobre o que você mudou além disso e adicioná-lo à lista. Eu, por exemplo, mantenho meus bancos de dados SQL em um diretório especial e salve-os também.