Falando como proprietário da versão de 1kW, posso dizer que os dois conectores que você está falando ficam lado-a-lado na porta EATX12V. Eles estão divididos (na maioria dos PSUs, não apenas no CM-SP) para permitir que as pessoas os usem em placas-mãe antigas, onde eles têm apenas portas de alimentação auxiliares de 4 pinos.
Os pinos nos conectores são "chaveados" de tal forma que os conectores irão apenas nos orifícios direitos. Em algumas PSUs, ambos os conectores têm algum tipo de marcação para indicar que maneira eles se encaixam. Não me lembro se o Silent Pro faz isso ou não, mas é bastante óbvio pela forma como eles estão ligados e se eles se encaixam;)
Eu sinceramente sugiro que você o insira. Isso lhe dará melhor estabilidade se você brincar com as tensões ... E não fará mal se você não o fizer.