Seu problema deve estar no Opera. Acabei de ver um monte de arquivos em uma unidade muito completa e fragmentada. Grandes arquivos baixados usando o Chrome eram todos contíguos.
Isso sugere que o Chrome conhecia o tamanho do arquivo no início do download, então disse ao NTFS o tamanho do arquivo a ser esperado. Se você fizer isso, o NTFS tentará colocar o arquivo em um único fragmento, ou quando nenhum fragmento for grande o suficiente, nos maiores fragmentos disponíveis. É interessante que sempre use esses fragmentos em ordem decrescente de tamanho, de modo que arquivos grandes copiados pelo Explorer em uma unidade fragmentada possam passar por toda a unidade.
Onde o programa não sabe o tamanho do arquivo, ou não se incomoda em dizer ao NTFS, mas apenas abre um arquivo e começa a gravar dados sequenciais, parece que o NTFS age muito similar ao FAT32, que simplesmente começa no primeiro disponível cluster (ou o primeiro disponível após o último alocado naquela sessão), em seguida, usa o que estiver disponível a partir daí para a frente. Como exemplo, mais ou menos na mesma época, pedi ao CCleaner para verificar o registro, fazendo com que ele fizesse backup em um arquivo ".Reg" de texto grande. Este arquivo começou perto do início da unidade e, em seguida, foi espalhado por 127 fragmentos diferentes. Ao contrário dos arquivos copiados com o Explorer, ou baixados com o Chrome, em todos os arquivos que eu examinei, os clusters foram alocados em ordem crescente.
Para esta pesquisa, usei o Winhex (versão de avaliação gratuita disponível no Winhex.com). Ao olhar para uma entrada de diretório. clique com o botão direito do mouse em um nome de arquivo e escolha Posição, List Clusters, para ver a lista de clusters usados por esse arquivo.