Você pode determinar a codificação do arquivo com o seguinte comando:
file -bi filename
Os arquivos Joomla .ini precisam ser salvos como UTF-8.
Após a edição, não tenho certeza se os arquivos são UTF-8 ou não.
Existe um comando do Linux como file ou alguns comandos que diriam se um arquivo é de fato UTF-8 ou não?
Você pode determinar a codificação do arquivo com o seguinte comando:
file -bi filename
Há, use o comando isutf8 do pacote moreutils .
Fonte: Como você pode saber se um arquivo é codificado em UTF-8 ou não?