Existem algumas pessoas que relatam problemas esporádicos com atalhos de texto em 10.12.2. A ideia geral é esperar que o iCloud sincronize novamente, possivelmente adicionando uma nova substituição em um dispositivo diferente. Você também pode tentar redefinir o sistema de atalhos (fazendo um backup), destruindo a seguinte pasta:
~/Library/Group Containers/com.apple.InputMethodKit.TextReplacementService