Primeiro, o que lê o arquivo install.wim que você mencionou? Se for lido depois que o kernel do Windows tiver assumido o controle do sistema, não será necessário colocar o arquivo na ESP (System EFI System Partition), que deve ser FAT. Uma vez que o kernel do Windows tenha carregado (e carregado seus drivers de sistema de arquivos, se eles estiverem em arquivos separados), o Windows deve ser capaz de ler volumes NTFS muito bem. Minha suspeita é que é assim que funciona; no entanto, não sei o suficiente sobre o instalador do Windows para sugerir como apontá-lo para install.wim em uma partição específica.
OTOH, se install.wim precisar ser lido enquanto a EFI ainda estiver em execução, pode haver uma maneira de fazê-lo. O pacote Clover EFI Tools (disponível em este tópico do fórum ) inclui um driver NTFS para EFI; no entanto, eu não sei a proveniência desse driver, então estou fornecendo este ponteiro apenas com relutância. Para usá-lo, você precisa carregá-lo manualmente de um shell EFI ou usar rEFInd para iniciá-lo automaticamente. Não posso oferecer nenhum conselho específico sobre como particionar seu disco ou fazer com que o instalador do Windows inicie e reconheça os arquivos no volume NTFS.
É possível que você consiga trabalhar com outro sistema de arquivos também. rEFInd inclui drivers para ReiserFS, ext2fs, ext3fs e HFS +, todos os quais suportam arquivos acima de 4GiB. O problema, é claro, é que o Windows não suporta esses sistemas de arquivos, então, assim que o Windows assumir o controle, ele perderá o acesso a esses arquivos. Criar duas partições - uma com um sistema de arquivos Linux ou OS X e uma com NTFS - e colocar arquivos idênticos nelas pode ser uma solução alternativa.