ISO é como padrão internacional (como o próprio nome sugere) para armazenar imagens de disco e suportado pela maioria dos softwares de gravação / extração de imagens. Esse formato normalmente é bom para arquivos de dados / conteúdo de vídeo. Este formato não é bom com CDs de áudio e nem é suportado por software de gravação de imagens.
O formato BIN / CUE foi desenvolvido especificamente para superar o problema de arquivamento do CD de áudio com a ISO. Em geral, esse formato pode ser usado para o mesmo conteúdo que o ISO suporta e não tem desvantagens.
O MDS é normalmente usado para DVDs protegidos contra cópia. ISO ou BIN / CUE não possui o recurso de armazenar informações de proteção contra cópia dentro do arquivo de imagem. Este arquivo geralmente contém informações sobre a posição dos bits de quebra de camada que ajudam na recriação da mesma cópia exata de qualquer DVD protegido contra cópia.
Para resumir, o ISO é bom para armazenar arquivos / dados / vídeo que não é protegido contra cópia e é suportado por quase todos os softwares de imagem. BIN / CUE é bom para copiar CDs de áudio. E o MDS é bom para fazer cópias de DVDs protegidos contra cópia.
Espero que isso ajude.