Abra um prompt de comando e altere o diretório para a raiz da sua unidade. Então corra:
dir /S /A:H > hidden.txt
Isso fará com que você obtenha uma lista de todos os arquivos ocultos nessa unidade e salve essa lista em um arquivo chamado hidden.txt
.
Nota: Isto NÃO procura por todos os arquivos ocultos NAMED "hidden.txt".