Talvez algum pequeno fragmento do Powershell?
copy-item -path E:\myfolders -destination C:\newfolder -container -force -recurse -erroraction continue -warningaction continue -confirm:$false
Para executar, abra o console Powershell (disponível em todos os Windows desde o XP), altere os parâmetros -path e -directory para sua pasta de início e destino, copie o comando para a janela PS e pressione enter. Se você não conseguir copiar, ative o modo de edição rápida nas propriedades do console - esta opção de colar mapas sob o botão direito do mouse no Win7.
Pode exigir o fechamento de caminhos entre aspas "" se houver sinais especiais em nomes, como espaço em branco.
Esta corrida no Powershell deve copiar todos os arquivos e subirectories para o diretório especificado. Continuará copiando apesar de algum erro com o arquivo especificado. Para cada arquivo quebrado que o comando não pode copiar, você receberá uma grande quantidade de saída vermelha no console. Se você não quiser vê-los, mude o erroraction para continuar silenciosamente.