Aplicativos executados quando não há usuário logado são chamados de Serviços. Eles são geralmente aplicativos em nível de sistema que fazem coisas para o computador em vez de programas com interfaces com os quais você faria as coisas.
O LogMeIn será executado como um serviço para que você possa se conectar remotamente ao sistema e gerenciá-lo quando não estiver fisicamente no computador.
A maioria dos aplicativos pode ser configurada para ser executada como um serviço usando ferramentas simples e disponíveis gratuitamente. No entanto, a maioria dos aplicativos não faz coisas que poderiam se beneficiar da execução como serviços.
Se você tiver um aplicativo que deseja executar, esteja ou não conectado, faça uma pesquisa no Google por " transformar exe em serviço " e experimentar as ferramentas oferecidas lá .