A autenticação de dois fatores geralmente não funciona por máquina - funciona por cliente. Quando você faz login no GitHub usando um navegador da Web, é o navegador da Web que lembra os cookies com as informações de autenticação e o status 2FA. git não sabe disso.
Para passar por HTTP (S), você precisará gerar uma senha secundária ("token de acesso pessoal") em configurações do aplicativo do GitHub página (use o botão "Criar novo token"). Observe que o git pode lembrar a "senha" se você não quiser redigitá-la / colar toda vez.