Na documentação, essa menção está na seção "Configurações da guia Terminal", portanto, você encontrará essa opção na guia "Terminal".
Vá para a janela de configurações globais do MobaXterm, depois clique na aba "Terminal" e marque a opção "Usar ambiente do Windows PATH". Observe que, se você estiver usando uma sessão, terá que fazer o mesmo nesta sessão: edite sua sessão, vá até a guia "Terminal settings" e marque a opção "Use Windows PATH".