Você pode executá-lo usando o caminho explícito:
c:\file.exe
ou adicione sua localização ao caminho (sempre tenho o diretório ac: \ bin para manter meus pequenos trechos - não é realmente um local kosher para o Windows com vários usuários, mas nenhuma das minhas instalações do Windows são usuário múltiplo):
copy c:\file.exe c:\bin :: put it in a better directory.
path %path%;c:\bin :: if not already in the path.
file :: run it (unless there is another 'file' in path).
Observe que, com essa segunda solução, você deve configurar seu caminho para que fique disponível sempre que você iniciar (em autoexec.bat, se estiver realmente usando DOS ou em Control Panel -> System -> Environment
window se você estiver usando o Windows).
E, observe que, se você usar a solução do painel de controle, isso não afetará as janelas de comando abertas no momento. Você precisará desativá-las e reabrir para selecionar a nova variável de ambiente.