Estou usando um pouco de ambos (VMWare no trabalho, pois é o software mais usado na empresa em que trabalho; e o VirtualBox at Home), e, para desenvolver, não vejo muita diferença: ambos fazem o que eu preciso, que é fornecer uma máquina virtual, independente do sistema host.
Se você for usá-lo para algum sistema de produção, talvez o VMWare possa ser uma aposta mais segura, pelo menos para suporte - e é mais amplamente utilizado na indústria, eu diria.
Se você quer software livre, o VirtualBox OSE é o caminho a percorrer.
Editar após comentário, para esclarecer: por "livre", quero dizer "libre": ambos VMWare servidor / jogador e VirtualBox são gratuitos (como em "custo não dinheiro"), mas apenas VirtualBox OSE é livre como em "libre" - veja Open Source VirtualBox e outras edições
Uma coisa que não era tão boa com o VirtualBox era que ele não suportava VM com várias CPUs; isso é possível, agora, com as versões 3.x, se bem me lembro.
Você também pode se interessar por algumas perguntas / perguntas sobre esse assunto, como, por exemplo:
- Referência: VMware vs Virtualbox
- Qual é o melhor programa de VM para um programador?
Você também tem várias outras possibilidades, como o QEMU, por exemplo - mas elas são menos conhecidas / usadas; então talvez não seja útil se você quiser usar uma VM para trabalhar e compartilhá-la com colegas de trabalho ...