Sua abordagem atingirá seus objetivos com a hierarquia de arquivos e é razoavelmente segura.
Se a segurança é sua principal preocupação, é aconselhável manter os sites em /home/$USER/public_html
. É uma convenção bem conhecida (ajuda a capacidade de manutenção), evita dividir os dados do usuário em várias hierarquias não relacionadas (ajuda a capacidade de manutenção e ajuda a automatizar rotinas de backup) e exige menos intervenção manual (ou seja, menos erros - digamos que você digite 'o' de 'g' no seu comando chmod e não perceba).
Se você alterou a estrutura do arquivo como parte de uma transição de sites de usuário único, talvez queira investigar vhosts .