De acordo com este link :
Arquivos de configuração do shell, como ~ / .bashrc, ~ / .bash_profile e ~ / .bash_login são frequentemente sugeridos para configurar variáveis de ambiente. Enquanto isso pode funcionar em conchas Bash para programas iniciados a partir do shell, as variáveis definidas nesses arquivos não estão disponíveis por padrão para programas iniciados a partir do ambiente gráfico em uma sessão de desktop.
Se você estiver executando o eclipse em sua sessão de desktop, modifique seu ~ / .profile .
Neste arquivo, você também pode colocar atribuições de variáveis de ambiente, uma vez que é executado automaticamente pelo DisplayManager durante o sessão de desktop processo de inicialização, bem como pelo shell de login quando um efetua login a partir do console textual.