Então "dobrar a velocidade" é um pouco inapropriado. É possível aumentar a taxa de transferência do NAS tendo duas portas agregadas juntas, geralmente isso não é para um fator de dois.
Além disso, é importante notar que a agregação de link não é útil apenas para aumentar a taxa de transferência, mas também pode ser usada para lidar com falhas de link, portanto, se uma porta física ficar inativa por algum motivo, você ainda terá conectividade com o dispositivo .
Dito isto, eu não sei especificamente sobre o seu software NAS, mas é possível então executar serviços segregados na porta secundária. Você pode executar serviços de manutenção nessa NIC ou até mesmo no software de gerenciamento dessa porta. Dessa forma, você pode executar a funcionalidade de transferência de arquivos em uma porta e a misc. serviços do outro - mantendo a porta livre para transferências de arquivos.
No meu NAS, gosto de ter uma porta de gerenciamento e, em seguida, a (s) porta (s) através das quais as coisas realmente NAS acontecem.