I just symlink my dropbox folder to the windows version or something to that effect
Sim, você pode fazer isso.
but is there a way to do this and still have the daemon running and syncing correctly?
Não tenho certeza se entendi, monte a partição do Windows, instale o Dropbox no linux e crie um link simbólico para o diretório do Dropbox no diretório do Windows e ele funcionará bem.