Descobri que o armazenamento em cache SSD foi a causa do problema, e desativá-lo resolveu o problema.
No meu caso, um programa chamado ExpressCache estava lidando com o armazenamento em cache SSD no Windows e, por algum motivo, não funciona bem com inicialização dupla. Eu apenas desinstalei a maneira normal de desinstalar um programa no Windows e depois de reiniciar tudo foi corrigido. No entanto, isso tem a desvantagem de desistir do aumento de desempenho dado pelo armazenamento em cache SSD. De qualquer forma, eu formatei a partição SSD e agora a utilizarei como uma unidade de armazenamento normal.
Se alguém tiver uma unidade híbrida e tiver enfrentado o mesmo problema, primeiro descubra qual programa está manipulando o armazenamento em cache do SSD (provavelmente é o ExpressCache ou o Intel RST). desative o armazenamento em cache SSD a partir das opções do programa (caso da Intel) ou desinstalando o programa (caso ExpressCache).
Até que eu encontre um software de armazenamento em cache SSD que lide com inicialização dupla, vou ficar com esta solução.