Cada programa armazena informações sobre suas janelas à sua maneira. Para o Notepad, encontrei o seguinte no meu registro do Windows XP.
No registro, vá para a seguinte pasta
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Notepad
, em seguida, modifique os seguintes valores
iWindowPosX
em iWindowPosY
em iWindowPosDX
em iWindowPosDY
X e Y são as coordenadas do canto superior esquerdo da janela. DX e DY são a largura e a altura da janela.
Outros programas podem salvar informações de posição de janela no registro ou em outros arquivos de configurações.