Resposta curta é: com grande dificuldade.
Resposta mais longa:
No registro em HKEY_CLASSES_ROOT, você encontrará uma entrada para cada extensão de arquivo registrada. Você precisa adicionar uma chave chamada "OpenWithProdids" a cada extensão de arquivo que deseja manipular. Dentro desta chave você precisa então de um valor de string onde o nome é o ProgId para o HxD.
Existe uma maneira muito mais fácil, no entanto. Se você colocar um atalho para HxD em C: \ Usuários \\ AppData \ Roaming \ Microsoft \ Windows \ SendTo, então, para QUALQUER arquivo no sistema, você pode clicar com o botão direito do mouse e selecionar Enviar para- > HxD no menu de contexto .