Da perspectiva do Windows, não haverá efeitos colaterais ou problemas de configuração, a menos que você tenha uma pasta com o mesmo nome exato no local, pois isso fará com que você sobrescreva essa pasta.
Da perspectiva dos aplicativos de terceiros, depende de como o aplicativo é gravado para verificar as pastas, mas é muito improvável que isso ocorra e não é um problema que faz com que o sistema falhe.
É melhor mantê-los separados, mas se você realmente não puder fazer isso, vá em frente, seu sistema não vai morrer ...