Recentemente, deparei com esse problema no PC de um cliente. Nesse caso específico, a máquina seria reiniciada aleatoriamente sem qualquer aviso e a tentativa de executar o Autochk na inicialização falharia com o mesmo erro " Autochk não pode ser executado devido a um erro causado por um pacote de software recentemente instalado ".
Quando a opção para reiniciar automaticamente após uma falha ter sido desativada, ficou claro que um arquivo chamado HMFAxCoreXXXXXXXXXXXXXXX.sys estava causando a parada do sistema. Ao pesquisar este arquivo, ele revelou que era um componente do aplicativo Hide My Folders . O aplicativo em si não podia ser removido por meio da função usual de adicionar e remover programas - parecia que alguém havia feito uma tentativa de remoção, quebrando-o no processo.
Ao renomear o HMFAxCoreXXXXXXXXXXXXXXX.sys, a reinicialização do sistema corrigiu instantaneamente as reinicializações inesperadas e restaurou a funcionalidade do Autochk na inicialização.
Obviamente, este é um thread antigo, mas espero que isso possa ser útil para alguém em uma situação semelhante.