Para remover um recurso ou plug-in do Eclipse, abra o Eclipse e selecione "Sobre o Eclipse" no menu "Ajuda". Selecione o botão "Detalhes da instalação". Certifique-se de que a guia "Software Instalado" esteja selecionada. Encontre "Aptana", ou qualquer outro plugin que você queira remover, da lista de softwares instalados, selecione-o e clique no botão "Desinstalar ..." na parte inferior.
Certifique-se de reiniciar o Eclipse após a conclusão da desinstalação.