Eu descobri depois de algumas escavações. Eu tenho um script no meu arquivo .profile que altera algumas configurações para touchpad e teclado. Eu tenho usado por alguns anos, mas não recebi este erro antes.
Alguns dos comandos do script parecem não estar mais funcionando:
xinput set-int-prop "VertResolution" 7
xinput set-int-prop "HorizResolution" 5
xinput --set-prop --type=float "Logitech Unifying Device. Wireless PID:4013" "Device Accel Constant Deceleration"
Por exemplo:
$ xinput set-int-prop "VertResolution" 7
Usage: xinput set-int-prop <device> <property> <format (8, 16, 32)> <val> [<val> ...]
Eu suponho que quando o .profile é carregado e esses erros são retornados, o sistema exibe essa mensagem, porque quando eu os executo manualmente, não obtenho o pop-up.
De qualquer forma, eu os comentei e não recebo mais a mensagem.
Então a origem dos problemas estava no meu .profile