Qual versão do Pycharm você está usando atualmente e a versão que deseja instalar? Agora vamos assumir como Pycharm.x.x.x :
Se você instalou com o apt, removeu primeiro.
sudo apt-get remove pycharm
Exclua sua configuração antiga IDE, localizada em sua pasta pessoal, você pode usar ls -s ~/ | grep pycharm
para encontrá-la
rm ~/.pycharm.x.x.x
Agora, se você quiser instalar a edição da comunidade usando o Ubuntu Make PPA
sudo add-apt-repository ppa:ubuntu-desktop/ubuntu-make
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-make
umake ide pycharm
Para remover o PyCharm instalado via umake:
umake -r ide pycharm