A empatia em si não parece ter nenhuma opção para fornecer um nome de usuário. Eu não acredito que isso seja possível no momento (e não vi nenhuma referência ao procurar por qualquer tipo de plugin que possa fazer isso).
rinzwind@discworld:~$ empathy --help
Usage:
empathy [OPTION...] - Empathy IM Client
Help Options:
-?, --help Show help options
--help-all Show all help options
--help-gtk Show GTK+ Options
Application Options:
-n, --no-connect Don't connect on startup
-h, --start-hidden Don't display the contact list or any
other dialogs on startup
-v, --version
--display=DISPLAY X display to use
Eu começaria com o preenchimento de uma solicitação de recurso para isso no launchpad .