Estou usando o Ubuntu Natty, embora eu também tenha percebido esse problema no Maverick. Como o Rhythmbox fica fora de foco, pressionar Ctrl-W / Ctrl-Q tem o efeito alarmante de desligar qualquer aplicativo que esteja atrás do Rhythmbox; no meu caso, geralmente o Firefox. Já que ninguém mais parece estar passando por esse problema, poderia ser um problema meu fim?
Não se preocupe, não é só você. :)
O mesmo problema foi reportado como um bug do Banshee , mas foi fechado porque é na verdade, um bug com o Compiz . Se você tiver uma conta do Launchpad, pode querer clicar no link "isso também me afeta" e mencionar que o Rhythmbox também é afetado por isso quando é aberto a partir do menu de som.