As mensagens xrandr que eu não acredito estão relacionadas.
O que está acontecendo é que você tem dois servidores X em execução, um dos quais é para o seu servidor VNC. O Chrome não sabe em qual exibir - e não pode ser exibido tanto quanto outros aplicativos X podem. Isso é um erro documentado no projeto Chromium Open Source. (Veja também este relatório de bug duplicado que espelha sua situação.)
O que está acontecendo é que o Chrome está sendo exibido no seu servidor X local em vez de um remoto. Infelizmente, o bug está aberto no projeto oficial do Google Chrome, o que significa que não há uma solução imediata que seja elegante, mas alguns usuários no relatório de erros conseguiram fazer com que funcionasse basicamente fazendo dois diretórios de configuração para o Chrome, um para cada servidor X e executá-los totalmente separadamente. (Procure por "--user-data-dir" para uma discussão sobre isso no primeiro relatório de bug.)