No bloco de notas, não há como usar o Localizar e substituir e segmentar linhas em branco. Considere o Notepad ++ e a pesquisa e substituição regex.
Você pode usar \r\n para encontrar linhas em branco a partir de arquivos de texto criados no Windows, \r para Mac e \n para Linux.
Acredito que, na verdade, uma instalação padrão vem com o TextFX para tornar sua vida ainda mais fácil; ele tem a opção de excluir linhas em branco: