Como já foi mencionado, Não perturbe não desativa as notificações. Se você quiser fazer isso, vá para Ferramentas > Plug-ins (ou Ctrl + U keypress) e desmarque o plug-in ' Libnotify Popups ' que é responsável pelas notificações. Ative o plug-in quando você quiser reativar as notificações novamente.
Você também pode optar por configurar as condições nas quais o plug-in fornece notificações pop-up. Uma das condições é "somente quando disponível". Verifique se a seleção desta opção interromperá as notificações quando você definir seu estado para algo diferente de Disponível.