Se você precisar de uma GUI, use o Audacity , é uma ferramenta de edição de áudio de plataforma cruzada gratuita e gratuita.
Features: Change the pitch without altering the tempo, or vice-versa.
Se você quiser usar a linha de comando, tente sox :
SoX is a cross-platform (Windows, Linux, MacOS X, etc.) command line utility that can convert various formats of computer audio files in to other formats. It can also apply various effects to these sound files, and, as an added bonus, SoX can play and record audio files on most platforms.
Algo assim:
sox <infile> <outfile> pitch <shift>
onde dá a mudança de tom como "centavos" positivos ou negativos (ou seja, 100 de um semitom). Existem 12 semitons a uma oitava, então isso significaria ± 1200
como parâmetro.