Você precisa usar o sinalizador -I para excluir um padrão:
tree -a -I '.git'
Espero que ajude.
Adoro usar tree para listar diretórios e tenho um repositório git com todos os meus dotfiles. Para que eu possa vê-los, eu preciso fazer tree -a , mas isso também listará o conteúdo dentro do diretório .git , que a maioria das pessoas (inclusive eu) nunca ousa tocar.
Como obtenho o tree -a para excluir apenas o diretório .git ?
Eu escrevi um clone de árvore baseado em nó chamado tree-fiddy que respeita as configurações do gitignore. É bem bonito agora, mas está funcionando bem em minhas máquinas.