Infelizmente, a hibernação não é suportada pelos sistemas Wubi (consulte esta página ).
Se você quer ser capaz de hibernar seu sistema Ubuntu, você terá que fazer uma instalação padrão (ao lado, em vez de dentro, do seu sistema Windows) inicializando a partir de um CD / DVD ou unidade flash USB do Ubuntu e executando o instalador.
bcbc tem explicou isso ainda mais:
Você não pode hibernar uma instalação do Wubi a menos que você também tenha uma troca partição. Você está usando um arquivo de troca para aumentar o tamanho não vai ajudar. Existe uma maneira de hibernar com um arquivo de swap, mas eu nunca vi qualquer um pode fazê-lo funcionar no Wubi.