Update (2018-07-05): As versões recentes do Windows 10 podem ter alterado a localização do menu de configurações. Veja a resposta do @Wingu para uma alternativa.
Eu finalmente percebi isso. O problema é que o alternador de idioma do Windows usa o til para alternar entre os layouts. Para corrigir isso, vá para Configurações avançadas de idioma no Painel de controle:
Cliqueem"Alterar atalhos da barra de idiomas", o que abre a seguinte caixa de diálogo:
Aqui,cliqueem"Change Key Sequence", e na caixa de diálogo a seguir, altere a atribuição para longe da tecla de acentuação til / grave. Ou simplesmente cancelar a atribuição.