Veja abaixo:
\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Explorer\StartupApproved\Run
deve haver uma entrada correspondente para cada entrada em:
\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Run
É um valor binário, "02 00 00 00 ..." significa ativado, qualquer outro valor parece significar desativado.
Eu investiguei isso no Windows 8.1, mas assumo que a chave de registro é a mesma para o Windows 7. No entanto, em 8.x você desabilita os programas de inicialização automática no 'Gerenciador de Tarefas' em vez do msconfig.