Você pode Remover com segurança depois de pausar a transferência de dados por USB, para que não haja possibilidade de corromper a partição do dispositivo ou seus dados.
Editar : Desculpe por ter esquecido de mencionar que eu desconectei o dispositivo, reconectei-o e retomei o processo de cópia sem problemas.
Atualização : Depois de iniciar a transferência, pausei o processo de cópia, ejetei a unidade USB, inseri outra unidade USB com arquivos diferentes, desconectei essa unidade também, reconectei a unidade primeiro novamente e finalmente reiniciou o processo de cópia e foi retomado sem nenhum problema.
Como você perguntou nos comentários sobre como a transferência de dados pode ser afetada se a letra da unidade for alterada, nesse caso, quando você tentar retomar o processo, o Windows solicitará que o arquivo de origem esteja ausente e exiba as três opções a seguir:
Try again
Skip
Cancel
Se você pressionar o botão Try again
, ele reinicia o processo desde o início.
Eu tenho apenas portas USB 2.0, portanto, não posso informar sobre nenhuma alteração quando as portas USB 3.0 são usadas.