Não deveria importar. A unidade não sabe sobre partições ou sistemas de arquivos. Ele lida com blocos de páginas, com um mapa gigante de quais "setores de disco" estão em quais páginas. Ele percorrerá todos os blocos disponíveis, seja gravando os mesmos setores repetidamente ou gravando em setores nunca usados. (Quando "sobrescrevendo" um setor, ele sabe que a página antiga já está disponível).