A pergunta atual é sobre a manutenção de aplicativos já reunidos em uma unidade externa. Este parece ser um exemplo de gerenciamento de patches. No entanto, uma abordagem (ruim, em retrospectiva) é reagrupar o aplicativo, por meio de uma ferramenta de virtualização de aplicativos.
O Xenocode (licenciado pela Novell como Zenworks Application Virtualization) é um produto que permite que você use um aplicativo do Windows e, se possível, crie um EXE monolítico autônomo para ele. Tem um sistema de arquivos virtual e o Registro dentro de seu wrapper.
Eles incluíram o IE6 para que ele possa ser executado no Vista e em outros sistemas operacionais mais recentes. Tecnologia muito legal.
Assim, se você não consegue encontrar uma versão que outra pessoa fez, crie a sua própria, o mundo é sua ostra!