Como abordar isso
Se você tiver dois filmes de entrada e quiser gerar um filme de saída, tente não codificá-los novamente, mas sim o bitstream original.
No seu caso, as possibilidades são:
VideoTS Part 1 → MP4 Part 1
VideoTS Part 2 → MP4 Part 2
MP4 Part 1 & MP4 Part 2 → Final MP4
… ou:
VideoTS Part 1 & VideoTS Part 2 → Intermediate Video
Intermediate Video → Final MP4
Concatenando com MP4Box
Eu escolheria a primeira opção, pois não sei se há alguma ferramenta que possa pegar os arquivos de DVD "brutos" e concatená-los para você.
Você pode simplesmente usar o Handbrake para codificar os vídeos em arquivos MP4 com configurações apropriadas (por exemplo, usando as predefinições do iPhone ou do iPod). É importante que você escolha exatamente as mesmas configurações para ambos os vídeos.
Em seguida, use MP4Box para concatenar esses:
mp4box -cat video-a.mp4 -cat video-b.mp4 final.mp4
Por que você não deve codificar novamente
A parte importante é que você realmente usa uma ferramenta como o MP4Box para concatenar os vídeos, e não um editor não linear como o Windows Movie Maker. Tanto quanto eu sei, o WMM não permitirá que você apenas copie os fluxos de bits do codec h.264, mas precisa recodificar o vídeo depois de concatená-los.
Isso significa que você terá uma perda de geração , como você sabe de imagens JPEG. Pode não ser perceptível, mas eu não sei como o bom codificador do Windows Movie Maker é mesmo para começar. Eu duvidaria que a qualidade fosse a mesma.