Em primeiro lugar, acho bom lembrar que um sistema é tão seguro quanto o usuário.
Citando Joel Rees (em resposta a essa pergunta) aqui :
A segurança não é um pacote que você pode comprar ou fazer o download. Se você escolher Ubuntu ou Debian, se você está preocupado com a segurança, você precisa gastar tempo aprendendo sobre isso As páginas parcialmente desatualizadas que Riku deu-lhe links para um bom lugar para começar.
A primeira pergunta que eu faria (mas não me responda, é claro) é como boas suas senhas são. Este será um problema com qualquer sistema operacional escolhido até mesmo proteger seriamente os sistemas operacionais como o openBSD.
Suas senhas devem ter pelo menos dez caracteres, de preferência doze ou mais, inclua alfabeto e números e um ou dois sinais de pontuação. Um que eu costumava usar era algo como "MI
A próxima pergunta é se você permite o login root. (Mais uma vez, não me responda, dentro ou fora de lista. Basta verificar a si mesmo.) Se você permitir root login, use uma senha extra strong para root. Você provavelmente faz não quer permitir login root da rede, mas você pode querer permitir login root do console.
Alterar a porta que o sshd escuta também é uma boa ideia.
Não navegue na Web como root ou como qualquer ID de login de administrador, é claro.
Por falar em IDs de login de administrador, é uma boa ideia ter uma não raiz ID de login que você usa apenas para tarefas administrativas. E você deveria evite entrar na web quando estiver logado com o ID de administrador. Qual significa que você precisa de outro id para uso geral, o que faz dois strongs senhas, três, se você permitir login root.
Se você tem o hábito de baixar aplicativos aleatórios da Internet, desaprenda esse hábito. Use seu gerenciador de pacotes e pense duas vezes ou mais sobre os aplicativos que você não pode acessar pelo seu pacote gerente.
De qualquer forma, as noções básicas de segurança são as mesmas, se você usa o Debian, Ubuntu, Fedora, openBSD, qualquer coisa.
Conclusão: não acredito que um usuário seguro tenha muito mais problemas com um do que com o outro.