Não tenho certeza se esse é um dilema ético ou uma questão de capacidade da Carbonite. Dito isto ...
Dê uma olhada neste artigo da Base de Conhecimento Microsoft: Como criar e usar unidades montadas em NTFS no Windows XP e no Windows Server 2003 . Você pode "montar" a unidade externa como uma pasta fora da sua unidade interna.