Eu não vejo isso localmente; os parentes correspondentes são realçados instantaneamente. Tente isto:
:set filetype=txt
... e veja se as coisas melhoram. Se assim for, algo na configuração de manipulação do PHP do vim pode estar um pouco fora de sintonia. Você vê o mesmo comportamento em arquivos PHP muito pequenos? Estou no 7.2 no Ubuntu e não vendo o que você está vendo.
Espero que isso ajude!
-Paul
UPDATE: obrigado por atualizar sua pergunta para incluir o seu .vimrc - isso leva a outra coisa para você testar. Por favor, veja se isso não ajuda a situação - mude php_folding para 1 em vez de 2. 2 dobra todas as regiões {}, de modo que isso pode estar de alguma forma interagindo com a lógica de correspondência de parênteses e causando o atraso.