Eu tive problema semelhante, movi o diretório zeitgeist para zeitgeist.bak e re-login:
mv ~/.local/share/zeitgeist ~/.local/share/zeitgeist.bak
O problema é que o diretório zeitgeist tem as permissões erradas. Você também pode selecionar a pasta no Nautilus, selecionar propriedades e tornar o diretório de leitura / gravação para você mesmo. Então você não precisa sair e entrar novamente.