Eu não acho que isso seja uma funcionalidade padrão do Windows.
O direito de acesso é baseado nos usuários, não nos aplicativos.
Você pode, no entanto, executar os programas como usuários diferentes. No menu de contexto (segure a tecla Shift + clique com o botão direito do mouse no programa) e selecione Run as different user
. Você precisará de contas de usuário diferentes com as configurações de controle de acesso corretas para as pastas com base nos usuários.