Não tenho certeza da versão do msysgit que você está usando, mas, para mim, chamar msys.bat não altera o diretório atual. Se você vir o diretório sendo alterado, verifique o arquivo etc/profile no diretório msysgit para os comandos cd . À medida que este arquivo é executado quando um shell de login é iniciado, pode ser a causa para você sempre aterrissar em seu diretório pessoal.