Flash Drives são reconhecidos como mídia removível. De acordo com a descrição da Microsoft do Utilitário Diskpart aqui :
Você não pode usar o Diskpart para criar uma partição em mídia removível. O Windows suporta no máximo uma partição MBR em mídia removível.
Eu acredito que essa limitação também se aplica ao gerenciamento de disco. Você terá que usar software de terceiros para criar várias partições no seu pen drive. Eu fiz isso antes de usar o GParted no Lubuntu.