Eu acredito que este é um novo "recurso" no Windows 7, e o problema está em todos os discos USB, nem apenas com o FreeAgent.
Veja também este thread para a mesma coisa com outros fabricantes.
EDIT: Microsoft agora explica esse recurso e como desfazê-lo neste artigo: Porta USB permanece ativo para desativado ou com segurança Removido dispositivo USB .
Isso pode ser feito por dispositivo. Eu reproduzo aqui a configuração global para todos os dispositivos, que está na chave do Registro
HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\usbhub\HubG
,
novo item DisableOnSoftRemove
(DWORD), valor de dados 1.