Você não diz de qual versão do Windows você está falando (se está perguntando sobre uma versão específica).
No Vista, a atualização do Windows usa Pontos de Restauração do Sistema - ele cria um antes de instalar as atualizações (até mesmo, irritantemente, atualizações de padrão do Windows Defender).
Você pode impedir que o Windows Installer faça Pontos de Restauração do Sistema definindo (ou criando) a chave do Registro HKLM \ SOFTWARE \ Políticas \ Microsoft \ Windows \ Installer \ LimitSystemRestoreCheckpointing com um valor de 1.
Uma forma mais simples de fazer isso no Business and Ultimate é executar o gpedit.msc e, em Configuração do Computador, Modelos Administrativos, Componentes do Windows, Windows Installer, clicar duas vezes em "Desativar a criação de pontos de verificação de restauração do sistema" e definir isso como Ativado.
Lembre-se de que isso desativaria a criação do ponto de restauração do sistema para TODAS as instalações de software, não apenas as atualizações do Windows.
Não conheço nenhuma maneira de alterar o comportamento do Windows Update.